認証を申請する食品等事業者が、認証を受けようとする営業施設ごとに遵守しなければならない基準等は、次の各号のとおりとする。

（1）別表2に規定する衛生管理システムを構築し、別表3に基づいた衛生管理の方法、頻度及び記録の方法等を定めなければならない。
（2）規則第16条第1項に規定する営業等届出施設にあっては、食品衛生法に基づく公衆衛生上講じるべき措置の基準等に関する条例（京都府条例第5号、平成12年3月28日公布）別表第2及び食品衛生法施行細則（京都府規則第12号、平成12年3月20日公布）別表第3第1に規定する基準を準用する。
２　認証を申請する食品等事業者は、前項の規定により自らが定めた衛生管理の方法等を記載した衛生管理マニュアルを作成し、保存しなければならない。
３　認証を受けた食品等事業者は、衛生管理マニュアルに基づく記録を別表3で別に定める場合を除き、1年以上保存しなければならない。

詳しくは京（みやこ）・食の安全衛生管理認証制度実施要綱をご覧下さい。
http://www.city.kyoto.jp/hokenfukushi/seikatu/shokuhin/ninsyou/data/youkou.pdf